2009年以来，重庆市食品药品监督管理局结合“平安重庆”、“健康重庆”建设目标，落实《全面推进依法行政实施纲要》及《重庆市行政执法基本规范》，继续深化对区县分局的层级监督工作。
　　该局总结层级监督工作经验，把层级监督的重心及时转移到规范区县分局行政行为，促进依法行政，提高区县分局监管质量，查堵监管漏洞方面，以层级监督促进全系统依法履职，确保药品安全。
　　2009年以来，该局组建的层级监督检查组已对27个区县分局开展了监督检查，共检查行政许可资料139件，执法案卷514件，现场抽查药品、医疗器械生产经营企业194家，并运用检查结果，采取多项措施解决基层存在的问题，
　　一是强化基层执法队伍依法行政能力和监管能力建设，加强依法行政知识和药品、医疗器械生产、经营监管业务知识培训，目前，已举办相关培训班5期，培训执法人员425人次。
　　二是加强制度建设，对区县分局政务公开、举报投诉办理程序等提出明确要求和规范。
　　三是向区县分局通报检查结果，限期落实整改措施，并向市局报送书面报告；对现场抽查中发现企业违反药品、医疗器械生产经营质量安全规定的问题，责成区县分局落实整改措施或立案查处，同时，举一反三，查找监管漏洞，并做好追踪检查，以确保药品安全监管措施落实到位。
　　四是将层级监督检查及整改成果纳入对区县分局的目标考核，与其评先评优及领导班子的考核任用紧密结合，进一步落实行政执法责任制及责任追究制。
　　通过层级监督的深入开展，促进了全系统提高依法行政能力和监管水平，促进了“平安重庆”、“健康重庆”工作中药品安全监管措施的落实。